Valtiontalouden tarkastusviraston (VTV) mukaan maatalouden tulotuki vääristää maatalouden eri tuotantosuuntien kannattavuutta. Maa- ja metsätalousministeriön tulisi harkita kansallisten tukien uudelleen kohdentamista. Valtion talousarviossakin tukia pitäisi perustella paremmin, tarkastusvirasto katsoo tuoreessa raportissaan.
Vaikka maa- ja metsätalousministeriö on pyrkinyt maatalouden tulotuen kohdentamiseen niin, että tuki kohtelisi maatalouden eri alueita ja tuotantosuuntia tasapuolisesti, näin ei ole käynyt. VTV:n mukaan tulotuki on vääristänyt markkinoiden tuottamaa kannattavuusjärjestystä.
Kokonaisuudessaan maitotiloille tukihyöty on viime vuosina ollut selvästi vähäisempi kuin sika- ja viljatiloille, eikä vuosittaisilla tukimuutoksilla tai maksetun tuen kokonaistasolla ole ollut asiaan juurikaan vaikutusta.