Kuusamon yhteismetsän mailla sijanneiden Etelä-Kuusamon vanhojen metsien suojelusta päätettiin vuonna 1996 Pohjois-Suomen vanhojen metsien suojelua koskevan valtioneuvoston periaatepäätöksen yhteydessä.
Kohteet sisällytettiin Suomen ehdotukseen Natura 2000 -verkostoksi vuonna 1998.
Ympäristöministeriö päätti vuonna 1999, että vanhojen metsien suojelu toteutetaan lunastamalla maat valtiolle.
Ennakkohaltuunotto tapahtui samana vuonna.
Noin 13 500 hehtaarin laajuisten alueiden suojelu tuli maksamaan valtiolle noin 25 miljoonaa markkaa, joista suurin osa käytettiin korvauksiin Kuusamon yhteismetsälle.
Suojeluprosessi oli pitkä ja riitainen, minkä vuoksi alueiden sisään jääneiden yksityisvesien kohtalo jätettiin siinä ratkaisematta.