Levien täyttämä järvi voidaan puhdistaa kemikaaleilla.
Kemiallinen puhdistusmenetelmää voidaan käyttää kuitenkin vain pienissä ja runsasleväisissä järvissä.
Järvien kemialliseen puhdistukseen käytetään alumiini- tai rautasuolaliuoksia. Metallien avulla leviä ravitseva fosfaatti saostetaan takaisin järven pohjalle.
Ennen kemikaalien levittämistä järvi on tutkittava tarkasti. Jos aineita käytetään liikaa, saattavat järvestä kuolla myös kalat.
Kemiallinen puhdistaminen on edullista. Menetelmää ei kuitenkaan kannata käyttää, jos järven vesi vaihtuu nopeasti tai järveen valuu yhä rehevöitymistä lisääviä aineita.
Suomessa on kemiallisesti puhdistettu muutama kymmenen järveä. Vastuu järvien puhdistamisesta kuuluu alueellisille ympäristökeskuksille.
