Lapin yliopistolle on nimitetty kolme vararehtoria.
Ensimmäiseksi vararehtoriksi viiden vuoden toimikaudeksi nimitettiin yhteiskuntatieteiden tohtori, tilastotieteen lehtori Jukka Mäkelä. Ensimmäinen vararehtori vastaa työnantaja- ja henkilöstöasioista, kiinteistöyhtiö- ja tila-asioista, tietohallinnosta ja Lapin korkeakoulukonsernin kirjastosta yliopiston osalta. Toiseksi vararehtoriksi kahden vuoden toimikaudeksi nimitettiin kasvatuspsykologian professori Kaarina Määttä. Toinen vararehtori vastaa opetuksesta ja opiskelusta, opetuksen ja ohjauksen kehittämisestä, opiskelijapalautteesta, avoimesta yliopistosta ja virtuaaliopetuksesta.
Kolmanneksi vararehtoriksi kahden vuoden toimikaudeksi nimitettiin tutkimusmenetelmien professori, tutkijakoulun johtaja Suvi Ronkainen. Kolmas vararehtori vastaa tiede- ja tutkimusasioista, yliopiston yhteisestä tutkijakoulusta sekä monitieteisten tutkimuskokonaisuuksien rakentamisesta.
Rehtorin ja vararehtoreiden sopiman työnjaon mukaan rehtori Mauri Ylä-Kotola vastaa yliopiston strategisesta johtamisesta ja suunnittelusta. Lisäksi hän vastaa toiminnan ohjauksesta ja rahoituksesta, laadunvarmistuksesta, kansainvälisistä asioista, yhteiskunnallisesta vaikuttavuudesta, ulkosuhteista ja viestinnästä sekä yliopiston hallituksen käsittelemien asioiden valmistelusta ja toimeenpanosta.