Museoviraston mielestä Kollajan tekoallas olisi toteutuessaan uhka valtakunnallisesti arvokkaille maisema-alueille erityisesti Pudasjärvellä. Virasto haluaa myös arkeologisten tutkimusten ja rakennustöiden yhteensovittamista, joka jatkuisi hankkeen koko toteutusajan. Kollajan rakennustöiden on arvioitu kestävän viitisen vuotta.
Kollaja-hankkeen ympäristövaikutuksen arviointiin liittyvässä lausunnossaan museovirasto epäilee etenkin taloudellisesti kannattavinta allasvaihtoehtoa.
"Se uhkaa Aittojärvi-Könkään maisema-alueen säilymistä Pudasjärvellä ja muuttaisi Iijoen rantamaisemaa laajemminkin. Hanke ei niiltä osin vastaa kulttuuri- ja luonnonperintöä koskevia erityistavoitteita."
Hankkeen välittömässä vaikutuspiirissä on kaikkiaan 18 arkeologista kohdetta. Virasto vaatii, arkeologiset tutkimukset edeltävät rakennusvaiheita, joissa maaperää muokataan.