Koeputkihedelmöitys lisää vauvoille epämuodostumariskiä. Stakesin tutkimuksen mukaan tuhannesta syntyneestä koeputkihedelmöityslapsesta 43:lla on merkittävä synnynnäinen epämuodostuma, kun tavallisesti näin on 29:llä. Epämuodostumia on ollut poikavauvoilla erityisesti sukuelimissä.
Tutkija Reija Klemetti Stakesista sanoo, että riski oli kohonnut nimenomaan yksisikiöisissä raskauksissa. Syytä tähän ei tiedetä. Tutkimus on julkaistu marraskuussa Fertility ja Sterility-lehdessä.
Aiemmin on epäilty, että mikrohedelmöitys aiheuttaisi kohonnutta riskiä. Tässä tekniikassa yksi siittiö ruiskutetaan munasoluun. Tätä keinoa käytetään silloin, kun miehen sperma on huonolaatuista tai lapsettomuus on selittämätöntä. Yhdeksi syyksi on arveltu myös äitien hormonihoitoja.