Kesäkuun säät olivat maan eri osissa hyvin erilaisia. Ilmatieteen laitoksen mukaan maan lounaisosia ja Lapin läänin pohjoisosia vaivasi kuivuus samaan aikaan, kun maan etelä- ja keskiosissa sekä Lapin läänin lounaisosissa esiintyi laajoilla alueilla runsaita sateita.
Kesäkuun keskilämpötila oli koko maassa 12–15 astetta eli kaikkialla hyvin lähellä pitkän ajan keskiarvoa. Maan eteläosissa oli vain hieman pitkän ajan keskiarvoa viileämpää, kun taas Lapissa oli hieman keskimääräistä lämpimämpää.
Kesäkuun lämpimin paikka oli Inarin Sevettijärvi, missä 10. kesäkuuta mitattiin päivän ylimmäksi lämpötilaksi 28,6 astetta.
Kesäkuun sään erikoisuuksia olivat Lapin läänin eteläosissa paikoin ukkosten yhteydessä 8. ja 10. kesäkuuta esiintyneet rajut tuulet. Kesän 2001 ensimmäinen trombi teki vahinkoja Rovaniemen maalaiskunnan Kivitaipaleessa.