Kemijoesta on löytynyt rapuruttoa. Elintarviketurvallisuusviraston tekemissä tutkimuksissa rapuruttoa löytyi Kemijoesta Petäjäskosken patoaltaan yläosasta. Lapin TE-keskuksen mukaan tautiepidemia tuhoaa todennäköisesti koko Ala-Kemijoen rapukannat.
Normaalisti ruton saastuttaman alueen ravut kuolevat hyvin nopeasti ja rapukanta tuhoutuu täysin. Ala-Kemijoella rutto on levinnyt hitaasti ja pieniä rapuja on jäänyt henkiin.
Lapin TE-keskuksen mukaan on mahdollista, että Lapin Etelä-Suomea kylmemmät olot, Kemijoen laajuus sekä ravusta tyhjät alueet hidastavat ruton leviämistä.
Ihmisille vaaraton rutto leviää vesistöstä toiseen pääasiassa rapusiirtojen ja ravustajien käyttämien pyyntivälineiden mukana. Viranomaiset suosittavat rapumertojen desinfiointia ennen kuin siirrytään vesistöstä tai vesistön osasta toiseen.
Viime vuonna rapuruttoa löytyi Taivalkosken patoaltaasta Kemijoesta.