Metsäpurojen kunnostusmenetelminä käytetään valuma-alueen ojitus- ja vesiensuojelujärjestelyjä, kuten laskeutusaltaita ja pintavalutuskenttiä, lietetaskuja ja ojakatkoksia.
Purouomaa parannetaan kivi- ja puusuisteilla, kiveämisillä, puutäytöillä, ruoppauksilla ja kiintoaineen sitojilla.
Menetelmiin kuuluu lisäksi muun muassa uoman varjostuksen parantaminen sekä suojapaikkojen ja kutusoraikkojen rakentaminen kaloille.