Oulu Oulun käräjäoikeuden mielestä syyttäjän näyttö ei riittänyt siihen, että professori Jouni Koiso-Kanttila olisi rikkonut virkatoiminnassa noudatettaviin säännöksiin tai määräyksiin perustuvaa virkavelvollisuuttaan. Tästä syystä oikeus hylkäsi myös Toivo J. Kannisen syytteen avunannosta.
Ratkaisunsa perusteluissa käräjäoikeus toteaa, että syytteessä selostetut kaksi puukerrostalohanketta täyttävät yliopiston kannalta katsottuna niin kutsutun yhteisrahoitteisen tutkimushankkeen ehdot. Oulun yliopiston arkkitehtuuriosasto vastasi talojen arkkitehtisuunnittelusta vuosina 1995-2000.
Yhteisrahoitteisessa hankkeessa yliopistolla ei ole oikeutta liiketaloudellisin perustein määräytyvään palkkioon. Oikeuden mielestä siihen ei ole myöskään liittynyt arvonlisäverollisuutta koska yliopisto ei ole myynyt palvelujaan tilaajalle.
Syytteen mukaan Koiso-Kanttilan olisi tullut arkkitehtisuunnittelusta vastanneen yliopiston puustudion vetäjänä laatia kohteiden arkkitehtisuunnittelusta kirjalliset sopimukset rakennuttajan kanssa ja avata niitä varten erityiset projektit.
Syyttäjän mielestä yliopistolta jäi saamatta Koiso-Kanttilan menettelyn takia noin 45 000 euroa. Hän katsoi Koiso-Kanttilan ohjanneen yliopistolle kuuluvia suunnittelupalkkioita yliopiston ulkopuolisille tahoille, muun muassa apurahoina suunnittelussa mukana olleille opiskelijoille.
Käräjäoikeuden mielestä yliopiston ohjeet ja määräykset eivät edellyttäneet kirjallista sopimusta. Koiso-Kanttilalla ei ollut sen mielestä virkamiehenä myöskään velvollisuutta erityisen projektin avaamiselle.
"Yliopiston ohjeet sopimusten tekemisestä ja menettelytavoista eivät ole lain tarkoittamia säännöksiä tai määräyksiä, joihin virkavelvollisuuden rikkomista koskeva rangaistusvaatimus voitaisiin perustaa", todetaan käräjäoikeuden päätöksessä.
Oikeuden mielestä Koiso-Kanttila ei myöskään loukannut yliopiston etua ohjaamalla yliopistolle arkkitehtisuunnittelusta tai rakennuttajatehtävien hoitamisesta kuuluneita palkkioita yliopiston ulkopuolisille muille tahoille.
Koiso-Kanttilan puolustus muistutti useaan otteeseen oikeudenkäynnin aikana, että puurakentamisen pilottihankkeet tuottivat yliopistolle yli 133 000 euron voitot. Näitä voittovaroja on jaettu sittemmin stipendeinä opiskelijoille.
Syytteen törkeästä virka-aseman väärinkäyttämisestä Koiso-Kanttilan puolustus leimasi alusta alkaen nipuksi mielikuvia, joissa ei ole näytön häivääkään.
Sekä Koiso-Kanttilan että Kannisen puolustus vetosivat yliopiston ohjeiden ja määräysten puutteellisuuteen suunnitteluaikana vuosina 1995-2000. Ne olivat epämääräisiä ja tulkinnallisia.
Valtio joutuu korvaamaan Koiso-Kanttilan oikeudenkäyntikuluja runsaat 27 700 euroa. Myös Kannisen oikeudenkäyntikulut, 17 584 euroa menevät valtion piikkiin.