Kainuun järvipinta-alasta 82 prosenttia luokiteltiin hyväksi, 12 prosenttia tyydyttäväksi, 2 prosenttia erinomaiseksi ja prosentti välttäväksi. Jokivesistä 72 prosenttia on hyvää ja 18 prosenttia tyydyttävää. Luokitus kuvaa veden sopivuutta vedenhankintaan, kalavedeksi ja virkistyskäyttöön.
Kainuun suuret järvet ovat hyvässä kunnossa lukuunottamatta Vuokkijärveä, joka on rehevä ja talvella vähähappinen. Talviajan hapen vähyys heikentää useiden pienten järvien veden laatua.
Kainuun järvistä erinomainen vedenlaatu mitattiin muiden muassa Korvuanjärvessä ja Saarikylän Saarijärvessä Suomussalmen pohjoisosassa sekä Älänteessä Sotkamon etelänurkassa.
Kainuussa vesi on humuspitoista turvemaiden runsauden takia. Ojitukset tehostavat humuksen kulkeutumista vesistöön.
Oulujärven eteläpuolella on keskimääräistä enemmän välttävän ja tyydyttävän käyttökelpoisuusluokan vesiä. Suurimpien jokien sekä Ii- ja Kiiminkijokien latvavesien veden laatu on pääosin hyvä.