Kainuun järvipinta-alasta 82 prosenttia luokiteltiin hyväksi juuri valmistuneessa vesistöjen yleisessä käyttökelpoisuusluokituksessa. Luku on hieman maan keskiarvoa korkeampi.
Kainuun järvivesistä 12 prosenttia luokiteltiin tyydyttäväksi, 2 prosenttia erinomaiseksi ja prosentti välttäväksi. Jokivesistä 72 prosenttia on hyvää, 2 prosenttia erinomaista ja 18 prosenttia tyydyttävää. Koko maassa jokien vedenlaatu on hyvä tai erinomainen vain 42,7 prosentissa. Luokitus kuvaa veden sopivuutta vedenhankintaan, kalavedeksi ja virkistyskäyttöön.
Tiedot on kerätty vuosina 2000-2003. Vesien tila on pysynyt ennallaan edelliseen, vuosina 1994-97 tehtyyn luokitukseen verrattuna. Kainuun vesien laatu on pääosin kunnossa, mutta kunnostustarvetta on etenkin järvissä, joissa sinileväkukinnot rajoittavat virkistyskäyttöä.
Kainuun suuret järvet ovat hyvässä kunnossa lukuunottamatta Suomussalmen Vuokkijärveä, joka on rehevä ja talvella vähähappinen. Vuokkijärven vesistö on säännöstelty. Talviajan hapen vähyys heikentää useiden pienten järvien veden laatua.
Kainuun järvistä erinomainen vedenlaatu mitattiin muiden muassa Korvuanjärvessä ja Saarikylän Saarijärvessä Suomussalmen pohjoisosassa sekä Älänteessä Sotkamon etelänurkassa.
Kainuussa vesi on humuspitoista turvemaiden runsauden takia. Ojitukset tehostavat humuksen kulkeutumista vesistöön. Oulujärven eteläpuolella on keskimääräistä enemmän välttävän ja tyydyttävän käyttökelpoisuusluokan vesiä. Suurimpien jokien sekä Ii- ja Kiiminkijokien latvavesien veden laatu on pääosin hyvä.