Yakuzalla on pitkät perinteet. Työttömät samurait, japanilaisen sotilasluokan jäsenet, perustivat ensimmäiset liigat 1500-luvulla. Pitkään ne toimivat lähinnä maantierosvoina maaseudulla.
Yakuza noudattaa edelleen joitakin samuraitten tapoja: se muun muassa korostaa tiukkaa sisäistä kuria ja uskollisuutta. Sääntöjä rikkovien jäsenien odotetaan osoittavan katumustaan niin, että he leikkaavat pois sormenpäänsä. Samurait tekivät tämän miekalla, mutta nykyisin gangsterit suosivat vasaraa ja talttaa.
Uskollisuus voi saada monia ilmenemismuotoja. Gansteri, joka vahingossa ampui naisen yakuzaliigojen välisessä selvittelyssä, antautui heti poliisille. Hän ei halunnut pakenemisella aiheuttaa ongelmia liigalleen vaan valitsi mieluummin riskin tulla tuomituksi kuolemaan.
Yakuzalla on nykyään monta kertaa enemmän aktiivisia jäseniä kuin amerikkalaisella mafialla silloin kuin se oli mahtavimmillaan. Liigat ovat myös lujittaneet asemiaan muun muassa rahoittamalla poliitikkojen vaalikampanjoita.
Poliitikkojen ja yakuzan välinen side tulee ilmi aina silloin tällöin. Entinen pääministeri Kishi Nobusuke esimerkiksi järjesti yhden yakuzajohtajan hautajaiset. Toinen entinen pääministeri Yoshio Mori puolestaan piti puheen häissä, jossa yksi kunniavieraista oli Japanin tunnetuimpia yakuzapomoja.
Myös nykyinen pääministeri Junichiro Koizumi on yhdistetty yakuzaan. Koizumin vaalikampanjaa parlamenttivaaleissa hoitaneen miehen epäillään olevan arvostettu jäsen tokiolaisessa liigassa.