Eisbären Berlinin tarina alkoi vuonna 1954. Tuolloin perustettiin seuran edeltäjä, SC Dynamo Berlin.
Dynamo voitti DDR:n mestaruuden 15 kertaa. Tosin vuosina 1971--1989 liigassa oli vain kaksi joukkuetta.
Kun Saksat yhdistyivät vuonna 1990, seura pääsi Bundesliigaan (nykyinen Saksan DEL-liiga). Samalla seura nimettiin EHC Dynamo Berliniksi.
Vuonna 1992 nimi muuttui EHC Eisbären Berliniksi.
Amerikkalaismiljonääri Philip Anschutzin omistama Anschutz Entertainment Group hankki seuran omistukseensa vuonna 1999. Samalla tasapainottui talous.
Ensimmäisen DEL-mestaruutensa seura voitti NHL:n työsulkukaudella 2004--2005. Tähtinä loistivat NHL-avut Erik Cole, Nathan Dempsey ja Olaf Kölzig. Eisbären juhli mestaruutta myös 2006 ja 2008.
Eisbärenin vanha halli oli vain 4 695 henkeä vetänyt "Aaltopeltipalatsi". Täksi kaudeksi seura muutti uudelle O2 World -monitoimiareenalle, jonka kapasiteetti on 14 500 henkeä.
Seurassa on pelannut yksi suomalainen. Hyökkääjä Niklas Hede edusti Eisbäreniä vuosina 1996--1999.