Ratatyöt aiheuttavat kesän ja syksyn aikana muutoksia junien kulkuun. Toukokuun ja lokakuun välisenä aikana osa junista korvataan linja-autoilla Seinäjoen ja Kokkolan välillä sekä Vihannin ja Oulun välillä. Ratatöiden aikaan junat joutuvat kulkemaan työmaiden ohi alhaisemmalla nopeudella, mikä pidentää matka-aikoja.
Junat korvataan linja-autoilla myös juhannuksena Pieksämäen, Kuopion ja Siilinjärven välillä.
Helatorstaina junat kulkevat poikkeusaikataulujen mukaan. Liikenteessä on useita lisäjunia, ja joitakin junavuoroja on peruttu. Junat siirtyvät kesäaikatauluihin maanantaina 6. kesäkuuta.
Helsingin ja Pietarin välille on avattu lisää Allegro-vuoroja. Kaupunkien välillä kulkee joka päivä neljä vuoroa molempiin suuntiin, kun niitä aiemmin oli kaksi.