Juhannuskokon paikkaa valitessa tulee ottaa huomioon linnut ja muu luonto. BirdLife Suomi muistuttaa, että kokkoa ei saa sijoittaa lintuluodolle, sillä juhannuksen aikaan monilla vesi- ja rantalinnuilla on pesintä vielä kesken ja pesissä munat tai pienet poikaset.
Parhaita pesimäluotoja ovat yleensä pienet vähäpuustoiset tai puuttomat luodot. Juhannuskokon rakentaminen ja polttaminen tällaisella luodolla tuhoaa pesimälinnuston yleensä täysin. BirdLife Suomen mukaan lintuluodoille tai -saarille nousemista pitäisi välttää nyt kokonaan.
Pesivät linnut on yleensä helppo huomata ihmisiä kohti hyökkäilevistä tai varoitellen luodon päällä lentelevistä linnuista.