Rapurutto ja vesirakentaminen ovat hävittäneet elinkelpoiset ja kaupallisesti merkittävät jokirapukannat isoista vesistöistä Pohjois-Suomessa.
Kainuun ely-keskuksen kalatalouspäällikön Markus Huolilan mukaan jokirapua esiintyy elinkelpoisena enää laikukkaisina kantoina tietyillä isojen vesistöjen latvavesillä, esimerkiksi Kainuussa. ”Ennuste tulevaisuuteen on se, että laji säilyy, mutta esiintyy enää harvoina populaatioina, ja mitään huimia kannannousuja ei kannata odottaa.”
Jokirapukantojen taantuessa pelastukseksi on esitetty yhtenä vaihtoehtona tulokaslajin eli täpläravun istutuksia, koska sen on oletettu olevan vastustuskykyinen rapurutolle.