Jokihelmisimpukka on EU:n tärkeänä pitämä uhanalainen laji, ja se on myös Suomen lainsäädännössä erityissuojelun kohde. Itä-Lapin populaatioiden on uskottu olevan elinvoimaisia, ja aluetta on pidetty lajin yhtenä viimeisistä tärkeistä eurooppalaisista esiintymisalueista.
Meneillään olevan, Metsähallituksen ja Bio Passage -yrityksen tutkimusprojektin tulokset osoittavat, että luontodirektiivin vaatimaa suotuisaa suojelun tasoa ei ole saavutettu.
Jokihelmisimpukkaan kohdistuva uhkatekijä on tiedossa. Syynä on lohen ja taimenen liian vähäinen määrä vesistöissä. Jokihelmisimpukka tarvitsee jompaa kumpaa näistä lajeista pakolliseksi väli-isännäkseen omassa toukkavaiheessaan.
Kantojen pienenemisen vahinko on rahalliselta suruusluokaltaan vähintään miljoona euroa vuosittain, perustuen jokihelmisimpukkayksilön lakimääräiseen ohjeelliseen arvoon. Suojelutoimia haittaavat kalastukseen liittyvät eturistiriidat.
Jokihelmisimpukan suojelu edellyttäisi sitä, että taimenen pyyntirajoituksista tehtäisiin paljon nykyistä tiukempia. Tätä kuitenkin vastustetaan.
Ellei suojelutoimiin ryhdytä, kannat tulevat lähes katoamaan nykyisin elävien yksilöiden kuollessa.