Verottajan tulkinnat jäteverosta kaihertavat kuntia. Kymmenet kunnat ovat viime vuosina saaneet jäteveroon perustuvia jälkiveroja, jotka ovat pahimmillaan horjuttaneet kuntien taloutta.
Yksittäisen kunnan saamat veromätkyt ovat vaihdelleet muutamasta kymmenestä pariin sataan tuhanteen euroon. Suurimmillaan verottajan esittämä jäteverolasku on noussut jälkiveroineen yli kahteen miljoonaan euroon.
Suomen Kuntaliiton mielestä jäteveron tulkinta tuottaa ongelmia kunnille, koska ohjeistus on puutteellista ja lain soveltaminen kirjavaa eri puolilla Suomea. Verotuksen ohjeistamisesta huolehtivassa Tullihallituksessa puolestaan toivotaan, että kunnat antaisivat epäkohdista palautetta Tullihallitukselle.