Simojoen vesistöalueella on haja-asutusalueen jätevesien käsittelyä tehostettava. Tähän johtopäätökseen tullaan Lapin ympäristökeskuksen selvityksessä. Jätevesien käsittelyä tehostamalla Simojoen kuormitus vähenee ja joen virkistyskäyttö paranee.
Ympäristökeskus on kartoittanut haastattelututkimuksella vesistöalueen viemäriverkostoon kuulumattomat taloudet, joita on kaikkiaan noin 1 100. Perinteisesti haja-asutusalueella sako- ja umpikaivolietteet on viety pelloille tai kuljetettu kaatopaikalle. Näin toimitaan edelleen melko yleisesti myös Simojoen vesistöalueella. Kiinteistönomistajat eivät ole kovin halukkaita uudistamaan nykyisiä jätevesien käsittelymenetelmiä.
Simojoki kuuluu Naturaan.