Itä-Suomen yliopistoon tulee neljä tiedekuntaa. Vuonna 2010 toimintansa aloittavan yliopiston tiedekunnat ovat käyttäytymis- ja humanististen tieteiden tiedekunta, luonnon- ja metsätieteiden tiedekunta, terveystieteiden tiedekunta sekä yhteiskunta- ja kauppatieteiden tiedekunta.
Itä-Suomen yliopisto syntyy, kun Joensuun ja Kuopion yliopistot yhdistyvät. Tiedekuntajaosta ja organisaatiorakenteesta päättivät yliopistojen hallitukset, jotka kokoontuivat tänään Joensuussa. Oppiaineet tulevat sijoittumaan tiedekuntiin uudessa yliopistossa pääsääntöisesti nykytilanteen mukaisesti.
Terveystieteiden tiedekunta jatkaa toimintaansa Kuopion kampuksella, ja käyttäytymis- ja humanististen tieteiden tiedekunta säilyy Joensuun ja Savonlinnan kampuksilla. Luonnon- ja metsätieteiden tiedekunta ja yhteiskunta- ja kauppatieteiden tiedekunta toimivat molemmilla pääkampuksilla.
Tiedekuntaratkaisun tavoitteena on tasavahvojen, nykyistä isompien ja vahvempien tulosyksikköjen muodostuminen.