Merivoimat varustaa alunperin ilmatyynyaluksiin kaavailemillaan ilmatorjunta-ohjuksilla kaksi Hämeenmaa-luokan miinalaivaa. Merivoimat on tilannut kuusi ilmatorjunta-ohjusjärjestelmää laivue 2000:n käyttöön. Kaksi järjestelmää oli tarkoitus sijoittaa alunperin Tuuli-luokan ilmatyynyaluksille ja neljä Hamina-luokan ohjusveneille. Merivoimat ilmoitti kuitenkin luopuvansa ilmatyynyalushankkeesta kesäkuussa.
Hämeenmaa-luokan miinanlaskijat varustetaan etelä-afrikkalaisilla ilmatorjuntaohjuksilla ja saksalaisella tulenjohtojärjestelmällä.
"Ennen Hämeemaa-luokan alukset olivat puhtaita miinalaivoja, uudistusten jälkeen niistä tulee miinanlaskukykyisiä korvetteja", kertoo merivoimien tiedottaja Ilpo Bergholm.
Alusten ohjusjärjestelmien lisäksi uudistetaan myös rannikkopuolustusta. Uudet rannikko-ohjukset on päätetty sijoittaa Tammisaaren Dragsvikiin ja koulutus Uudenmaan Prikaatissa aloitetaan 2005, kerrotaan Merivoimista. Kaikkiaan ohjuksia on tilattu yhdelle joukkueelle. Tämä tarkoittaa vähintään neljää laukaisulaitetta.