Pyhäjärven Junttiselän vedenlaatu on palautunut takaisin normaalille tasolle. Toukokuun puolivälissä Junttiselän vedenlaatu happamoitui nopeasti.
Happamoitumisen vaikutukset näkyvät kuitenkin edelleen Junttiselän ja Pyhäjoen yläosan kalastossa. Kaloja kuoli happamuuden seurauksena runsaasti. Kuolleita kaloja tavattiin ajoittain Kärsämäellä saakka. Erityisesti kato koetteli särkikaloja, mutta jokivarresta tavattiin myös kuolleita haukia ja ahvenia.
Kuitenkin kevätkutuisten kalalajien kutu epäonnistui. Aiemmin haukia kuhisseet Junttiselän kaislikot ovat autiona. Kirkkoselältä tulee Junttiselälle särkiä ja lahnoja, mutta haukikannan uusiutuminen tulee viemään pidemmän ajan.
Myös Pyhäjoen yläosalla on kaloja selvästi vähemmän kuin aiemmin. Kalojen käyttökelpoisuuteen ei tilanne liene vaikuttanut. Raskasmetallipitoisuuksien mahdollinen kohoaminen näkyy vasta aikojen kuluessa niiden siirtyessä ravintoketjun kautta petokaloihin. Kaloja voi siis tällä hetkellä syödä.
Pyhäjoen yläosan ja Junttiselän rapukanta menetettiin todennäköisesti happamoitumisen seurauksena.
Happamoituminen oli todennäköisesti seurausta voimakkaasta kevään täyskierrosta järvessä. Järven pohjasedimentissä olevat rauta- ja rikkiyhdisteet reagoivat tällöin poikkeuksellisen voimakkaasti hapekkaaseen veteen. Samalla pohjasedimentistä liukeni myös fosforia, jonka määrä vedessä kasvoi normaaliin verrattuna yli viisinkertaiseksi.