Muslimit:
-- Paavi Benedictus piti 12. syyskuuta 2006 puheen Regensburgissa, jossa hänen katsottiin syyttäneen islamia väkivaltaiseksi uskonnoksi. Puhe suututti muslimijohtajat ympäri maailmaa. Paavi selitti, että hänen sanojaan oli tulkittu väärin.
Homoseksuaalit:
-- Paavi piti 22. joulukuuta 2008 henkilökunnalleen puheen, jossa hän kehotti pitämään ympäristön lisäksi huolta ihmislajista. Paavi varoitti, että miehen ja naisen erojen hämärtäminen voi johtaa ihmisen itsetuhoon. Monet ihmisoikeusjärjestöt pitivät kommentteja vastuuttomina ja loukkaavina.
Juutalaiset:
-- Paavi purki 24. tammikuuta 2009 neljän piispan ekskommunikaation. Yksi piispoista oli vain muutamaa päivää aiemmin kiistänyt tv-haastattelussa juutalaisten kansanmurhan. Paavin toiminta suututti sekä juutalaisjärjestöt että useat saksalaiset piispat ja poliitikot.