Euroopan parlamentin vetoomusvaliokunta on ottanut käsiteltäväkseen Suomen luonnonsuojeluliiton vetoomuksen Vuosaaren satamahankkeen lupamenettelyistä. Vetoomuksen mukaan sataman lupamenettelyissä olisi pitänyt noudattaa EU:n luontodirektiiviä.
Vetoomusvaliokunta otti asian käsittelyynsä kiireellisenä.
Ympäristöministeriö totesi tammikuussa 2001, että Vuosaaren suursatama liikenneyhteyksineen haittaisi todennäköisesti merkittävästi Mustavuori-Östersundomin Natura 2000 -alueen suojeluarvoja. Vuotta myöhemmin ministeriö taipui valtioneuvoston enemmistön kantaan, muutti haitta-arvonsa hankkeelle myönteiseksi ja hyväksyi satamakaavat.
Luontodirektiivi antaa kuitenkin mahdollisuuden poiketa suojelusta yleisen edun vuoksi, jos hankkeelle ei ole vaihtoehtoja.