- Tammikuu 2006: Venäjä keskeyttää kaasunviennin Ukrainaan, ja monet EU-maat kärsivät häiriöistä kaasuntoimituksissa. EU:n energiapolitiikan hajanaisuus paljastuu.
- Helmikuu: Tanskalaiset Muhammad-pilakuvat jakavat EU-maita. Tanska puolustaa piirroksia osana sananvapautta. Suomi pyytää anteeksi kuvien julkaisua internetissä.
- Maaliskuu: EU esittää korvauksia lintuinfluenssakohun kolhimille siipikarjan kasvattajille. Kananlihan kulutus on romahtanut, vaikka kukaan ei ole EU:ssa sairastunut tautiin.
- Huhtikuu: EU-komissio alkaa tutkia, onko Suomen vedonlyöntimonopoli laillinen.
- Toukokuu: Serbian yhteistyöneuvottelut jäädytetään, koska sotarikoksista syytettyä Ratko Mladicia ei ole saatu kiinni.
- Kesäkuu: Jäsenmaat päättävät pitää EU:n puolikuolleen perustuslain jäissä ainakin vuoteen 2008 asti.
- Heinäkuu: Puolivuotinen puheenjohtajuus siirtyy Itävallalta Suomelle.
- Elokuu: EU päättää lähettää rauhanturvaajia Libanoniin.
- Syyskuu: EU-parlamentin Strasbourgin-istuntoja vastustava nettivetoomus kerää miljoona nimeä. EU vahvistaa, että Romaniasta ja Bulgariasta tulee jäsenmaita tammikuussa 2007.
- Lokakuu: Venäjän presidentti Vladimir Putin vierailee Lahden huippukokouksessa.
- Marraskuu: EY-tuomioistuin pitää ratkaisuehdotuksessaan Suomen susimetsästyksestä laittomana. EU:n ja Venäjän yhteistyöneuvottelut lykkääntyvät Puolan lihanvientikiistan vuoksi.
- Joulukuu: Turkin EU-neuvottelut jäädytetään osittain, koska maa ei päästä kyproslaista liikennettä satamiinsa.
