EU-komissio haastaa Suomen EY-oikeuteen puutteellisten ympäristöarviointien takia. Komission mukaan Natura 2000 -alueille kohdistuvissa hankkeissa ei Suomessa kaikissa tapauksissa tarvitse tehdä EU:n direktiivin mukaisia ympäristövaikutusten arviointeja, minkä vuoksi direktiivin ei katsota Suomessa toteutuvan täysimittaisesti.
Komission mukaan suomalaisviranomaiset ovat ilmoittaneet aikeestaan muuttaa kansallista lainsäädäntöä, mutta koska näin ei ole tapahtunut, vie komissio asian EY-oikeuteen.
Lisäksi Suomea uhkaa EY-oikeus myös liito-oravien vuoksi. Komissio ilmoitti lähettävänsä Suomelle niin sanotun perustellun lausunnon koskien liito-oravan lisääntymis- ja lepopaikkojen määrittelyä. Komission mielestä liito-oravan lisääntymis- ja lepopaikkojen havaitseminen vaatii erityisasiantuntemusta, mutta Suomen nykyinen järjestelmä ei takaa erityisasiantuntemuksen käyttöä liito-oravien elinympäristöjen havainnoinnissa.