Saaristomeren kalalajien kutualueiden happipitoisuus on hyvä eikä sisäisen fosforikuormituksen vaaraa havaittu. Kutualueita uhkaavat kuitenkin eroosio ja kasvillisuusmuutokset.
Turun yliopiston Saaristomeren tutkimuslaitos on kartoittanut siian, kuhan, ahvenen ja kampelan kutualueita. Siian kutualueita löydettiin vain yksi, mutta muiden lajien alueita useampia. Alueilla tutkittiin kasvillisuusmuutoksia, pohjan koostumusta ja virtauksia.
Tutkimusaikana vuosina alueiden 2001 ja 2002 kasvillisuudessa ei tapahtunut merkittäviä muutoksia. Saaristomeren kasvillisuuden pitkäaikaisseurannassa rehevöityminen näkyy kuitenkin selvästi. Yksivuotisten kasvilajien määrä on kasvanut, ja joidenkin lajien poikaskasvulle tärkeä rakkolevävyöhyke on kadonnut kokonaan vuosien 1993 ja 2001 välillä.
Kutualueita uhkaa myös lähinnä laivaliikenteen aiheuttama ranta- ja pohjaeroosio.