Toimintansa lopettaneiden kauppapuutarhojen maaperä on voinut pilaantua torjunta-aineiden tai lämmitysöljyn käytön ja varastoinnin vuoksi. Etenkin pääkaupunkiseudulla entisten kauppapuutarhojen alueita on ryhdytty kaavoittamaan muun muassa asuin- ja virkistyskäyttöön.
Alueiden maaperässä onkin useissa tapauksissa havaittu kohonneita torjunta-aine ja raskasmetallipitoisuuksia. Uudenmaan ympäristökeskus on selvittänyt 16:n lähinnä Etelä-Suomessa sijainneen kauppapuutarhan alueella.
Viime vuonna käynnistyneen hankkeen esiselvityksen mukaan puutarhojen maanäytteistä on löytynyt ohjearvoja lievästi korkeampia DDT- ja muita torjunta-ainepitoisuuksia. Lisäksi maaperästä löytyi metalleja, arseenia ja öljyä.
Nykyisin monet näistä aineista kuten DDT on kielletty, mutta esimerkiksi 1900-luvun alkupuolella torjunta-aineina käytettiin muun muassa kupari-, arseeni-, elohopea-, sinkki- ja lyijy-yhdisteitä. Myös 1940-1960 -luvuilla käytettiin useita erilaisia erittäin hitaasti hajoavia torjunta-aineita, joiden käyttö on nykyisin kielletty.
