Etelä-Suomen aluehallintoviraston lupapäätöksen mukaan Nord Stream -kaasuputki ei aiheuta pitkäaikaisia haitallisia muutoksia meriluonnolle.
Avin mukaan sotatarvikkeiden raivauksessa, kiviaineksen kasaamisessa ja putkilinjan laskussa lähtee liikkeelle merenpohjan sedimentin sisältämiä haitallisia aineita, kuten dioksiineja ja metalleja sekä ravinteita.
Putken rakentaminen aiheuttaa tilapäisiä rajoituksia meriliikenteelle.