Osa säätiöiden myöntämistä apurahoista jää myöntämättä jakoperusteiden tiukkuuden ja vanhentuneisuuden vuoksi. Ongelma ei ole laaja, mutta esimerkiksi Suomen kulttuurirahaston noin 700 nimikkorahastosta noin prosentin apurahat jäävät myöntämättä vuodesta toiseen.
Rahaston yliasiamies Antti Arjavan mukaan muutamien rahastojen apurahoja ei pystytä jakamaan joka vuosi. Näissä tapauksissa rahat siirtyvät seuraavalle vuodelle.
Usein ongelmat apurahojen jaossa johtuvat siitä, että apurahan saajan kotipaikka tai tutkimuksen kohde on määritelty poikkeuksellisen yksityiskohtaisesti.
Toisaalta pätevien hakijoiden puuttumisen vuoksi jotkut apurahat joudutaan myöntämään tavallista heppoisemmin perustein. Liisa Suvikumpu Säätiöpalvelusta sanoo, että hänen kokemuksensa perusteella apurahan voivat joissain tapauksissa saada sellaisetkin hakijat, joilla ei ole edellytyksiä pätevän tutkimustyön loppuun saattamiseksi.