Martti Ahtisaari valittiin presidentiksi 1994 Suomen poliittisen järjestelmän ulkopuolelta, ja hän singahti kautensa jälkeen jälleen kansainväliselle uralle.
SDP:n jäsenäänestyksessä hän päihitti Kalevi Sorsan, kun puolue avasi äänestyksen ulkopuolisille. Vaaleissa toisen kierroksen vastaehdokas Elisabeth Rehn hävisi ja Ahtisaari nousi Mauno Koiviston seuraajaksi.
Presidenttinä Ahtisaari huolestui työttömyydestä ja perusti asiasta oman työryhmänkin. Lakeerikengillä liukastelu jäi muistoksi valtiovierailusta Ruotsiin. Hän jätti myös kämmenjälkensä Suomen ulkopolitiikan johtojärjestelmiin järjestämällä presidentille paikan EU:n huippukokouksissa.
Ahtisaaren jatkoaikeita arvailtiin pitkään, mutta lopulta aika ajoi hänen ohitsensa. SDP:ssä alettiin puuhata esivaaleja, ja Ahtisaari ei ollut valmis lähtemään niihin. Presidentti ilmoitti luopuvansa yhden kauden jälkeen.
Kesäkuussa 1999 Ahtisaari sai sankarin vastaanoton Kölnin EU-huippukokouksessa, kun hän saapui sinne kertomaan Kosovoon syntyneestä sovusta.
Presidenttikautensa jälkeen Ahtisaari on ryhtynyt Suomen Nato-jäsenyyden aktiiviseksi puolestapuhujaksi.