Monet luontaistuotteet saattavat aiheuttaa yllättäviä ja vakavia haittoja, jos niitä käytetään suurina annoksina, pitkiä aikoja tai samaan aikaan lääkkeiden kanssa.
Lääkäri Anna-Liisa Enkovaara esittelee tuotteiden haittoja ja hyötyjä tuoreessa kirjassaan 101 luontaistuotetta. Enkovaaran mukaan erityisesti Euroopan ulkopuolelta tulevat tuotteet saattavat sisältää myrkyllisiä rohdoskasveja, synteettisiä lääkeaineita tai raskasmetalleja.
Suomessa käytetään paljon esimerkiksi vitamiini- ja kivennäisainevalmisteita sekä kalaöljyvalmisteita, joista ei tiettävästi ole oikein käytettynä haittaa. Enkovaaran mukaan luontaistuotteiden vaikutuksia on kuitenkin tutkittu harvoin perusteellisesti.
Parhaimmillaan luontaistuotteista on Enkovaaran mukaan pientä hyötyä.