Pyykösjärven yllättävälle happamoitumiselle ei ole löytynyt ulkopuolista syytä. Yksi tekijä voisi olla Pyykösjärveen vuosien mittaan kohdistunut kuormitus. Järven pohjaan on kertynyt typpiravinteita muun muassa ilmasta, maasta ja sadevesistä.
Rehevän ja happikadosta kärsivän järven hapettomat tilat ovat talvella aiheuttaneet kemiallisia reaktioita, jotka ovat ekologialtaan epätasapainoisessa järvessä käynnistäneet kehityksen, jossa järven sisäinen kierto on pyöräyttänyt liikkeelle voimakkaan happamoitumisen, kuvailee tilannetta vesiensuojelun valvoja Marketta Karhu Oulun ympäristövirastosta.
Ongelma ei ratkea kuluvan kesän aikana. Kaupungin ympäristövirasto ja Pohjois-Pohjanmaan ympäristökeskus miettivät keinoja järven tervehdyttämiseksi. Järven puhdistaminen on kallista ja kaupunkialueella hankalaa.
Happamaan järveen pannaan usein kalkkia, mutta Pyykösjärven tapauksessa se saattaisi jopa kiihdyttää happamoitumista.